Bon l'histoire est toujours la même : vous incarnez un jeune homme ou une jeune fille, petite nouveauté qui vient d'emménager dans la région de Hoenn à Bourg-en-vol petite bourgade où vit l'illustre professeur Seko. Dès votre arrivée, votre mère voit votre père qui est un grand dresseur à la télé et vous demande d'aller voir le fils ou la fille suivant le héros que vous avez choisi, de la voisine. Ce jeune voisin ou voisine deviendra votre adversaire tout au long de l'aventure.